Utvrda Hohenwerfen sagrađena je u srednjem vijeku. Sagrađena je na stijeni visokoj 113 metara, a gradnja je trajala od 1075. do 1078. godine. Podignuta je na inicijativu nadbiskupa  Gebharda von Salzburga (1060 – 1088). Jednostavan stil gradnje bio je tipičan za to razdoblje budući da su se tek tada podizali prvi utvrđeni dvorci. Tek 100 godina nakon križarskih ratova počele su se graditi puškarnice, utvrđene kule i bočni tornjevi.
Prvo završeno zdanje utvrde nastalo je između 1127. i 1142. Nakon toga nadbiskupi Salzbugra zaustavili su radove.
Godine 1525, u vrijeme seljačkih ratova, tvrđeva je zapaljena i oštećena. Uslijedilo je renoviranje za koje najviše zaslužen nadbiskup Johann Jacob Khuen von Belasy koji je za renoviranje angažirao talijanske majstore.
1931. požar je uništio veći dio dvorca: istočni, južni i sjeverni trakt. Tvrđava je djelomično renovirana zahvaljujući nadvojvodi Eugenu.
Za vrijeme Drugog svjetskog rata u tvrđavi se nalazio centar za školovanje NSDAP, a nakon rata vlaskik tvrđave postao je okrug Salzburg. U tvrđavi se nalazila žandarmerijska škola, a tek od 1987. tvrđava je otvorena za turiste.
1968. tvrđava je poslužila kao kulisa za snimanje filma Orlovo gnijezdo s Clintom Eastwoodom i Richardom Burtonom u glavnim ulogama.